問題1: 油墨功能仍然缺乏
水性油墨以水為主要溶劑，水的蒸發潛熱大，常溫下蒸發速度慢，因此其流平性、附著力、光澤度都比溶劑型油墨差，印刷質量問題簡單發生；其次是溶解性，水性油墨的溶解性取決于水性乳液和色漿之間的溶解性和消光性的相容性，在生產中需要經常攪拌。而且不同品牌的水性油墨有不同的安全儲存期，超過安全儲存期的水性油墨只是沉淀或分層。即使攪拌沒有起到很大的作用，這時也會出現不可避免的刀線問題，甚至更加嚴重。
問題2:生產流程需要調整
由于水性油墨用于水性樹脂干燥是不可逆的，如果還選用傳統的“倒金剛石”雕花凹版網點，隨著使用時間的延長，干燥油墨固定在網點底部會造成網點堵塞，導致油墨轉移不足，進而影響印刷色相的一致性。在這方面，一方面需要使用方形網點的激光雕刻凹版，另一方面需要對凹版進行及時徹底的清洗，否則鏜孔后的整個凹版將報廢。
問題3:資金方面有所顧忌
鑒于目前的情況，絲網印刷水性油墨的確比溶劑型油墨的選擇成本要高。一方面，水性油墨以水性樹脂為環節，其收購價格遠高于普通溶劑的價格; 另一方面，要適應水性油墨的印刷特點，在生產能耗、設備改造等方面或多或少也需要做一些投資。因此，對于那些尚未涉足水性油墨玻璃絲網印刷領域的企業來說，這將在一定程度上增添他們的顧慮。
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